Возможность использовать универсальный передаточный документ только в качестве счета-фактуры не предусмотрена. Такай вывод содержится в письме ФНС России от 22 августа 2018 г. № АС-4-15/16298@ "О рассмотрении интернет-обращения". Для УПД не установлен такой статус. Налоговое ведомство указало, что УПД предназначен для оформления первичных учетных документов, в том числе с возможностью одновременного исполнения требований, установленных налоговым законодательством для счетов-фактур. То есть УПД может быть использован с применением статуса "1" – счет-фактура и передаточный документ (акт).

При этом в целях исчисления и уплаты НДС правила регистрации и оформления УПД совпадают с правилами оформления и регистрацией счетов-фактур. Также УПД может применяться со статусом "2" только как передаточный документ (акт) (письмо ФНС России от 21 октября 2013 г. № ММВ-20-3/96@ "Об отсутствии налоговых рисков при применении налогоплательщиками первичного документа, составленного на основе счета-фактуры").